Stiftskirche St. Johann

1899 stiftete Kanonikus Michael Helmberger zwei wohl im Umkreis Jan Polacks entstandene Tafelbilder mit Passionsthematik, die heute am Kreuzaltar angebracht sind.
1949 restaurierte Bauunternehmer Szymkowiak mit weiteren Handwerkern die Süd- und die Giebelfassade der Stiftskirche. Der Dekorations- und Schriftenmalermeister Bachl schuf dabei – neben allen Malerarbeiten am Äußeren – vor allem die Inschriften und Wappen über den beiden Kirchenportalen.
Als Resultat der von Firma Szymkowiak 1956 neuerlich durchgeführten Außenrenovierung hält der Tages-Anzeiger fest, die Stiftskirche leuchte „nun in freundlich-heller Farbe“. Nach Entfernung des neuromanischen Hochaltars hängte man 1957 das bisherige Hochaltarbild an die Chorwand, während der barocken Tabernakel von Alteglofsheim nach Entwürfen von Dr. Klug durch Bildhauer Helmer umgebaut und in ein neu gestaltetes Ambiente versetzt wurde. Schließlich wurde auch der neuromanische Kreuzaltar entfernt und durch einen vollkommen neu geordneten ersetzt.
Im Rahmen der Innenrenovierung von 1976/77 restaurierte Kirchenmaler Georg Hiltl über der Sakristeitür und an der Nordwand je ein Fresko Schöpfs. Die Stuckarbeiten – unter ihnen die Anbringung des „Stiftswappens“ an der Orgelbrüstung – erledigte die Firma Hartl.
1996 übernahm die Firma Eis an Raumschale und Kirchenausstattung Sicherungs-, Tünch- und Reinigungsarbeiten und unter anderem die Abfassung und Vergoldung der Apostelkreuze. Laut der Mittelbayerischen Zeitung sei dadurch an Stelle des bisherigen Grautons ein freundliches Gelb getreten, das den Raum wärmer erscheinen lasse. Auch würden die Pilaster und Kapitelle dadurch deutlicher hervortreten, wie auch die Apostelleuchter durch Vergoldung stärker betont würden.
Tiefgreifende Umgestaltungen erfolgten 1957 am Hochaltar sowie am Kreuz- und Marienaltar. Auf dem Hochaltar standen noch 1876 die um 1730 entstandenen Figuren der beiden Johannes und des Johannes Nepomuk, vielleicht auch die zur selben Zeit gefertigte und gleich große Figur des Antonius. Heute befinden sich alle in Seitenansicht auf Konsolen zu beiden Seiten des Hochaltars, wenn auch ihre Gestik verrät, dass sie ursprünglich für Vorderansicht geschaffen wurden. Ebenso wurde das Hochaltarbild nach Entfernung des neuromanischen Hochaltars in einem Goldrahmen an die Wand gehängt. Nach einem Entwurf von Dr. Klug errichtete man darunter einen Tabernakelaltar, bestehend aus dem barocken Tabernakel von Alteglofsheim, der unten durch einen Ziboriumstabernakel und oben durch eine kuppelartige Bekrönung ergänzt wurde und flankiert ist durch zwei Seiten-Voluten, auf die Bildhauer Helmer zwei barocke, aus dem Kapitelsaal stammende und von ihm jeweils mit einem Flügelpaar ausgestattete Engelsbüsten setzte.
Nach Entfernung des 1887/90 neuromanisch gestalteten Kreuzaltars erhielt dieser 1976/77 seine heutige Gestalt, indem auf ihm das ursprünglich in der Sakristei angebrachte, überlebensgroße und aus der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts stammende Kruzifix platziert wurde. Dieses flankieren seither die beiden, seit etwa 1900 links und rechts des Hochaltars befindlichen Passionsbilder aus dem Umkreis Jan Polacks. Des Weiteren wurde damals unter dem Kruzifix eine neu angefertigte Predella mit Tabernakel angebracht, die mit drei wohl um 1700 entstandenen versilberten Apostelbüsten geschmückt wurde.
Der Marienaltar erfuhr ebenfalls eine Umgestaltung, indem 1938 das von Albrecht Altdorfer stammende Tafelbild der „Schönen Maria“ entnommen, in den Werkstätten der Bayerischen Staatsgemäldesammlungen restauriert, als Leihgabe des Stiftes im Regensburger Diözesandepot Obermünster deponiert und durch eine früher Simon Sorg zugeschriebene, aber wohl von Christian Jorhan dem Älteren um 1750 geschaffene und von Stiftsdekan Peter Griesbacher gestiftete Figur der Immaculata ersetzt wurde.
Von den vier 1947 von Kirchenmaler Schöppl gefertigten Kopien der „Schönen Maria“ wurde eine – zunächst links neben der Sakristeitür – aufgehängt und 1977 in einem prunkvollen vergoldeten Rahmen an ihrem heutigen Ort rechts neben dem Hochaltar platziert.
Im Laufe des 20. Jahrhunderts kamen drei Figuren in die Stiftskirche: Die von Stiftsdekan Griesbacher gestiftete, um 1385 entstandene Steinfigur des Evangelisten Johannes wurde über dem Südeingang platziert, während sich an der Nordwand die von Kanonikus Helmberger hinterlassene, im 15. Jahrhundert entstandene Figur der heiligen Anna mit sitzendem Marienkind sowie die von Kanonikus Otto Döllinger gestiftete Kopie einer in der Pfarrkirche Ainau befindlichen frühgotischen Pieta befindet.
Ende des 20. und Anfang des 21. Jahrhunderts kamen drei Ölgemälde hinzu. Ein barockes Ölgemälde des Schweißtuchs der Veronika und ein im 19. Jahrhundert entstandenes, von Frau Dr. Treiber gestiftetes Ölgemälde des heiligen Josef mit Jesuskind fanden auf der Südseite der Stiftskirche ihren Platz, während das von Kanonikus Huber gestiftete barockes Ölgemälde des heiligen Wolfgang auf der Nordseite aufgehängt wurde.
Gemäß der Liturgiereform des Zweiten Vatikanischen Konzils wurde in der Chormitte ein neubarocker Volksaltar aufgestellt, der nach 1985 seine heutige Gestalt erhielt. Ebenso entstand der schmucklose, auf der Südseite im hinteren Teil des Kirchenschiffes befindliche Beichtstuhl im 20. Jahrhundert. Die hl. Jungfrau Maria wird seit 2002 unter der Empore vor der in neuerer Zeit entstandenen Figur der Fatima-Madonna aufgesucht. Seit 2015 befindet sich an der Nordwand unter dem Bild des hl. Papstes Johannes Paul II. in einem von Engelbert Süss geschaffenen und von der Deutschen Hospitalité Notre Dame de Lourdes gestifteten Bronzereliquiar eine Blut-Reliquie des hl. Papstes.